现阶段，“医养结合”面临的困难还比较多。医疗机构和养老机构的建设和运转，涉及包括土地、编制、隶属关系、医保报销、药品管理、行业资质等诸多问题，有待破解。另外，如何培养“医养结合”人才，如何制定“医养结合”的行业标准，也是摆在相关机构面前的新课题。

       最令人担心的是，一些人对于“医养结合”仍然存在误解，认为医养结合仅仅就是把养老院和医院合并在一起，或者是养老院里开设医疗室，医院里设置养老病床。如果这样做，最终将使得医院和养老院的规模不断扩大化，对社区的覆盖也将日趋薄弱，脱离了“医养结合”方便老年人的初衷。
       因为，我国的养老模式是“以居家养老为基础，社区服务为依托，机构养老为补充”。在资源分配上遵循“9064”原则，即90%的老人居家养老，6%依托社区，进入机构养老的仅为4%。换言之，居家养老而非入住养老院，是我国老人的主要养老方式。如果“医养结合”的资源最终流入大医院和大型养老院，将导致大部分居家养老的老人面临养老资源和医疗资源匮乏的困境。
       国家统计局北京调查总队的统计显示，即便在收入水平较高的北京市，在2013年，北京城镇老人经济来源主要依靠退休金，家庭平均月收入在4700元左右，农村老人主要依靠养老金和子女赡养，六成人家庭年收入在1万元以下，1至2万元之间占到两成。去机构养老，83.1%的北京城镇老人月承受额在3000元以下，七成以上的农村老人承受额不到千元。这样的承受额，远不能支付在机构养老的费用。
       因此，“医养结合”成功与否的关键，在于其能否在社区落实，向居家养老的老人提供“医养结合”服务。有关部门可以通过扩充社区医疗机构的功能，使其成为既能够提供医疗服务，也能够提供居家养老服务的社区综合服务机构。例如，社区综合服务机构可以在送药上门、陪同就医的同时，提供上门护理、日间照料等服务。并且，应当鼓励更多社会资本进入“医养结合”领域，并通过政府购买服务的模式降低老年人的支出。
       随着城乡居民家庭日趋小型化，老年人口赡养比正在不断增加，尽快完善覆盖城乡的“医养结合”体系，留给有关方面的时间已经不多了。