3月16日，北京市人民政府印发《北京市城市公立医院综合改革实施方案》（下称《方案》），行政区域内所有三级、二级、一级公立医院均被纳入改革范围。
对于医务人员最为关注的编制问题，文件给出了答案。《方案》提出，北京市将探索实行编制备案制和不纳入编制管理，推进医务人员从“单位人”向“社会人”转变。与编制管理相关的财政经费、养老保险、户籍管理、出国交流、住房补贴等政策也将同步调整。
对于医务人员关心的薪酬问题，《方案》提出，北京市将强化医务人员绩效考核，完善相关政策并重点向临床一线、业务骨干、关键岗位以及支援基层和有突出贡献的人员倾斜；在工资总额下，对关键岗位、知名专家等可以采取协议工资、项目工资等灵活多样的收入分配方式。
除此之外，《方案》列出了2016年北京市城市公立医院改革的各项重点工作。
1）2016至2017年，着力推动市区两级政府落实办医责任，促进各公立医院办医主体落实责任。
2）2016年，重点完善北京友谊医院、北京朝阳医院法人治理运行机制。2017年，着力在北京儿童医院、清华长庚医院等医院探索多种法人治理模式。
3）2016年，对三级医院开展巡查工作，公布二级及以上公立医院相关信息。
4）2016年，研究制定加强公立医院综合预算管理指导意见。
5）2016年，出台全市公立医院医药分开实施方案，取消药品加成(中药饮片除外)，建立公立医院医药分开的运行新机制。改革医院药事管理制度，探索建立总药师制度，开展处方负面清单管理和处方点评。
6）2016年，完成化学药品和生物制品的阳光采购，启动中成药阳光采购。
7）2016年，市卫生计生委、市财政局、市医院管理局等单位共同研究制定市属公立医院设备配置标准，编制配置目录。
8）2016年，按照医药卫生体制改革总体要求，在执行《全国医疗服务项目规范》(2012年版)基础上，统筹研究本市医疗服务价格改革方案。
9）2016年，完善医保基金总额预算制度；出台加快商业健康保险发展的实施意见；出台深化医保支付方式改革实施方案，积极推进按疾病诊断相关组(DRGs)付费、门诊付费方式等改革并扩大政策覆盖面；推动药品支付方式改革；推进全市定点医疗机构之间患者用药信息共享，将监管范围由医疗机构延伸至科室和医务人员医疗行为。
10）2016年，重点落实事业单位养老保险改革及工资调整政策，保障市属、区属公立医院养老保险改革顺利实施；在试点医院探索实行工作人员额度管理。
11）2016年，制定北京市公立医院绩效考核与评价指标体系，建立年中和年底综合考评工作机制；在国家公立医院薪酬制度改革框架下，制定市属、区属公立医院薪酬分配办法，加强对公立医院薪酬规范管理，严肃收入分配纪律；在市属、区属公立医院开展医院负责人年薪制试点，年薪由公共财政予以保障，与医院收入水平脱钩。
12）2016年，出台医疗卫生服务体系规划、医疗机构设置规划、医疗机构床位调控、加强康复医疗护理服务体系建设等方面的指导性文件，研究制定引导中医院发展的指导意见。
13）2016至2017年，积极推进京津冀医疗卫生协同发展，落实与河北省张家口、唐山、保定、承德等城市的医疗卫生领域合作。
14）2016年，出台以特许经营方式开展与社会资本合作的指导意见，落实鼓励社会办医的有关政策措施。2016至2017年，推进北京安贞医院国际医院特许经营项目、北京友谊医院顺义院区PPP试点项目建设；支持社会办医疗机构加入医疗联合体。
15）2016年，出台糖尿病、高血压、冠心病、脑卒中4种病的分级诊疗指导意见和基本规范，开展以上病种的分级诊疗试点；推进医疗联合体试点，形成医疗、医保、价格、财政、人事薪酬政策联动效应，提升基层医疗服务能力；制定相应的转诊标准，完善医保支付政策；预约转诊量占公立医院门诊就诊量的比例提高到20%以上，减少三级医院普通门诊就诊人次。
16）2016年，对新进医疗岗位的本科及以上学历临床医师进行住院医师规范化培训；启动专科医师培训工作，出台专科医师规范化培训试点方案，积极扩大全科及儿科、精神科等急需紧缺专业的培训规模，试点开展急诊专科医师资格认定工作。
17）2016年，启动临床重点专科评审工作，制定本市重点专科建设管理办法，在领先学科、专科领域建设转化医学中心，开展科技成果处置、使用和收益分配管理方式改革，出台加快推进医疗卫生机构科技成果转化和产业化的若干意见。
18）2016年，搭建互联互通的医疗卫生信息化支撑体系，推进二级以上公立医院与区域人口健康信息平台对接，与国家药品电子监管系统对接并积极开展药品电子监管码核注核销；区级人口健康信息平台全部建成，由区政府实施管理。